Предприятие ведет свою историю с 1992 г., когда по инициативе администрации Территориального управления Петродворцового района было образовано муниципальное предприятие «Юго-Западный Экологический пост». Первоочередная цель создания предприятия состояла в выполнении локальных экологических обследований на территории Петродворцового района.

Основными направлениями деятельности предприятия в 1990-х годах были:

демеркуризация помещений школ и детских дошкольных учреждений Петродворцового района; ртутьметрические и радиационные обследования территорий и помещений; текущее обслуживание водоподводящей системы фонтанов (ВПСФ) г. Петродворца; комплексное обслуживание особо охраняемых природных территорий «Стрельнинский берег» и «Комаровский берег»; сбор и вывоз на утилизацию отработанных люминесцентных ламп и промышленных отходов.

Основные работы в 1990-х годах:

полная очистка верхнего отстойника Троицкого ручья в г. Петродворце; разработка рабочего проекта реконструкции Круглого пруда, входящего в ВПСФ г. Петродворца; демеркуризация специальных узлов и аппаратов по договору с Северным флотом; работы по комплексной оценке экологического состояния водоемов, водотоков и водосборной площади ВПСФ г. Петродворца; очистка Шлюпочного канала в г. Ломоносове; инженерные изыскания и разработка проекта установления водоохранных зон и прибрежных защитных полос ручья Троицкий в г. Петродворце; очистка и берегоукрепление отдельных участков Троицкого ручья.

С 2001 года начинает активно развиваться одно из основных направлений деятельности предприятия – это разработка и реализация проектов очистки, дноуглубления, берегоукрепления и экологического оздоровления водных объектов Санкт-Петербурга. За период с 2001 по 2006 годы в основном по заказу Комитета по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности было разработано более сорока проектов очистки водоемов и водотоков, а также выполнены работы по очистке и дноуглублению более тридцати водных объектов в различных районах Санкт-Петербурга.

В 2004 г. на баланс предприятия был передан изготовленный на ГУП ССЗ «Спецтранс» универсальный многофункциональный комплекс для дноочистки и дноуглубления водоемов УМОК-2.

В 2004 году предприятие обосновалось на Волхонском шоссе, д. 116, где располагалась производственная площадка СПб ГУП «Экострой». Основным видом деятельности  СПб ГУП «Экострой» являлась разработка и внедрение экологически безопасных технологий переработки отходов, а также техническое обслуживание особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга. В распоряжении предприятия находились специально оборудованные производственные площади и современный парк технических средств.

В 2006 году по распоряжению Комитета по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности Санкт-Петербурга СПб ГУП «Экострой» и СПб ГУП «ЮЗЭП» были объединены в одно предприятие. В результате объединения предприятий образовался коллектив, состоящий из высококвалифицированных специалистов самых разных областей: экологи, гидротехники, геологи, гидрологи, строители и т.д.

В 2007 году по распоряжению Комитета по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности Санкт-Петербурга СПб ГУП «Экострой» и СПб ГУПП «Инженерный центр экологическихъ работ» были объединены в одно предприятие, благодаря чему значительно расширился спектр деятельности и появилась возможность выйти на потенциально более высокий качественный уровень оказываемых услуг. На базе предприятия в режиме постоянной готовности стала действовать городская комплексная аварийная экологическая служба (ГКАЭС).

 СПб ГУП «Экострой», являющееся организацией, специализированной в сфере обеспечения экологической безопасности населения, предлагает весь лицензированный в установленном порядке комплекс работ по проведении комплексных экологических обследований и ликвидации ртутных и радиоактивных загрязнений по критериям законодательно допустимых санитарных норм с выдачей при необходимости заключения соответствующих надзорных органов.